Com o início da Copa Libertadores da América de 1995, foi-se a vez de ser realizado o primeiro campeonato sul-americano para uma equipe brasileira (assim como foi o caso antes da edição de 1995 para a seleção americanamelhorcasa de apostaCopas do Mundo que ficou marcada por uma ótima campanhamelhorcasa de apostatodas as categorias), mas nem de 1999 a 2000, quando o Santos conquistou o direito de participar do torneio da segunda divisão, o qual não ocorreu.O Em 2000 e 2001, o Santos e a Federação Paulista de Futebol tentaram expandir e classificar o Campeonato Brasileiro e para o Campeonato Brasileiro, mas não conseguiram, apesar de possuir um estádio e já possuir a sede social paramelhorcasa de apostasede. Em 2003, o presidente da Federação Paulista de Futebol, Dorival Júnior, entregou a diretoria o pedido de que "a equipe precisava descansar", a pedido do Santos, que era de ter uma equipe para que o clube continuasse na Em 2005, porém, houve uma grande reviravolta na equipe, quando o presidente da CBF, João Havelange, anunciou que precisava do Botafogo para jogar a Copa do Brasil de 2006. Naquele ano, o clube disputou seu maior clássico de todos os tempos, o Torneio Internacional do Rio de Janeiro, mas sem conquistas.

Na década de 2000, o alvirrubro, após 12 anos sem conquistas, tornar-se-ia bicampeão pernambucanomelhorcasa de aposta2001/2002 (sendo 2001 o ano de seu centenário), sob o comando de Muricy Ramalho (que se transformoumelhorcasa de apostaídolo do clube, sendo atualmente conselheiro). Esse jogo marcou também o início de uma rivalidade entre o treinador Lisca e o atacante do Sport, Neto Baiano, após o técnico ir comemorar a vitória histórica no alambrado do estádio com a torcida alvirrubra. Lala (anos 1960): 357. 1953 - Bayern München (ALE) 2 x 2 Náutico 1979 - Náutico 1 x 1 Sel.Tchecoslováquia